[Disquisitio metaphysica adversus Cartesium]. Obra en latín publicada en Amsterdam en el año 1644, y en forma más completa, en 1644, como Disquisición metafísica o Dudas e instancias contra la metafísica de Renato Descartes [Disquisitio metaphysica seu Dubitationes et instantiae adversus Renati Cartesii metaphysicam]. Es la obra más importante del autor, puesto que se separa de su polémica sensista entendida en sí y por sí como un retorno abstracto a la filosofía epicúrea y, en cambio, plantea la necesidad de una discusión provechosa en el terreno del cartesianismo.
En el Discurso del método (v.) Descartes fijó, con su famoso principio «pienso, luego existo», el punto fundamental de una certeza; elimina así en la conciencia la duda que podía surgir ante el problema de la existencia y del conocimiento. A su vez, Gassendi, inspirado por su sensismo naturalista, no quiere encerrarse en un mundo de principios lógicos que carecen de la certeza de una verdad indiscutible, de la manera como, según él, puede ser dada por el conocimiento sensorial. Por eso, opone a Descartes que no sólo en el pensamiento se puede encontrar la certeza, sino que también se la encuentra en todas las acciones humanas, aun en las más distantes del pensamiento; incluso el saltar, el caminar y cualquier otra acción pueden destruir la duda sobre el existir.
Esta oposición al principio fundamental del método cartesiano, aunque algunos la consideren ajena a la propia lógica formal, otros encuentran en ella una fecunda idea, en cuanto presenta una realidad más completa e inmediata que la de un pensamiento abstracto. Por otra parte, Descartes noi admitía una consecuencia entre el pensar y el existir sino una relación que, siendo física, se podía entender como lógica, en cuanto que, en la conciencia, se consideraba como más inmediato el pensamiento. Toda otra actividad —como el caminar y semejantes — había, pues, que considerarla como una dependencia del propio pensamiento. Pero Gassendi, oponiéndose a las continuas dudas del sistema cartesiano, quiere dar a la propia actividad sensorial su verdad precisa y segura, no pudiendo suponer —siempre como posición lógica — que el caminar pueda ofrecer dudas, para quienes no sean capaces de pensar.
Donde Gassendi ha descubierto un punto extremadamente débil de la posición cartesiana, es en la idea de sustancia; advierte que de la sustancia no es posible tener una idea precisa y que es peligroso concebir la realidad sólo mediante la actividad lógica. Antes que Locke, se ha trazado así una crítica que más adelante Kant convertirá en orgánica dentro de su sistema; y precisamente con tan sutiles disquisiciones, basadas sobre la evidencia misma de algunas objeciones, Gassendi reforzaba las bases históricas de su pensamiento, más todavía que en la polémica contra Aristóteles o que en sus breves afirmaciones de un retorno a Epicuro. Cartesianos y gassendistas anticiparán así en el mundo francés, y bien pronto en la propia cultura europea, una crisis que la Ilustración tratará de resolver más tarde.
C. Cordié