Médico y filósofo español. Nació en San Juan de Pie de Puerto, en la baja Navarra (hoy provincia de Huesca) en 1530?; murió en 1591? Estudió en Huesca y ejerció allí la Medicina muchos años. Ninguna otra noticia comprobada tenemos de su vida. La fama de Huarte de San Juan está vinculada a su obra Examen de ingenios para las ciencias (1575, v.), en la que el autor sigue las huellas de Galeno. El libro ha sido muchas veces reimpreso y traducido al latín, al francés, al italiano, etc.
Por su obra debe considerarse a nuestro autor como precursor de la antropología y de la psicofísica; hay efectivamente en el Examen adivinaciones geniales de teorías que tardaron siglos en aceptarse y desarrollarse. En 1795, el escolapio Ignacio Rodríguez publicó su Discernimiento filosófico de ingenios, que es, en parte, una derivación de la obra de Huarte de San Juan.