Nació en Potsdam el 16 de febrero de 1834 y murió en Jena el 9 de marzo de 1920. Estudió Medicina y Ciencias Naturales en Wurzburgo y Berlín, donde se graduó en 1857. Tras un año de práctica médica, volvió al estudio de la Anatomía, la Embriología y la Fisiología comparadas, bajo la guía de maestros como Schleiden, Müller y Virchow. Para ampliar su ya vasta cultura, llevó a cabo numerosos viajes por Francia, Italia (en Messina reunió material para un notable trabajo suyo acerca de los radiolarios) e Inglaterra. En este país conoció a Darwin, de quien muy pronto llegó a ser un entusiasta partidario (H. llamaba al famoso naturalista «el Newton del mundo orgánico»).
Entre 1862 y 1865 enseñó Anatomía comparada y Zoología en la Universidad de Jena, donde más tarde fundó la cátedra de Zoología filogenética y un museo filético. En 1866 publicó la Morfología general de los organismos [Generelle Morphologie der Organismen), en cuya obra, como reconoce su adversario Vialleton, H. estudia y profundiza los recientes descubrimientos de la Embriología y obtiene «del caos de las formas embrionarias algunos esquemas muy simples, que proporcionaron al darwinismo varios ejemplos anatómicos de los cuales tenía la mayor necesidad». El texto en cuestión ejerció inmediatamente una influencia tan notable que fue denominado la «Biblia del darwinismo». Invitado por diversas universidades alemanas, prefirió, no obstante, permanecer en Jena. En 1868 reunió una serie de conferencias de divulgación en. el volumen Historia natural de la creación (v.) [Natürliche Schópfungsgeschichte], donde procuró fundir en una concepción uniforme la doctrina de Lamarck y la de Darwin; la obra, apreciada por este último, fue aumentada por H. en sucesivas ediciones con nuevas experiencias embriológicas.
De 1866 a 1879 prosiguió los estudios sobre los animales acuáticos inferiores y, en el curso de sus frecuentes viajes por el Mar del Norte y el Mar Rojo y las zonas tropicales, recogió abundante material. Durante una expedición por el Mar Rojo, el virrey de Egipto puso a su disposición una nave destinada a la búsqueda de bancos de coral. H. expuso los resultados de tales viajes en las obras Los sifonóforos (1869), Las esponjas calcáreas (1872), Los corales de Arabia (1872) y Las medusas (1879). Inducíale sobre todo a tales expediciones la localización del «pitecántropo» (vínculo entre el simio y el hombre) y de un hipotético animal primitivo que denominaba «monera» y suponía procedente de la materia inerte (nuestro autor defendía la teoría «abiogenética»). En 1873 publicó sus Estudios sobre la teoría de la gástrula, en los cuales prosiguió las investigaciones de Serres y formuló, sobre la base de sus observaciones, la hipótesis que presenta el animal-estómago (gastraea) como forma primitiva fundamental de todos los animales pluricelulares.
Luego aparecieron sucesivamente: Antropogenia (1874), donde H. trata acerca del origen del hombre y se opone al agnosticismo de Du Bois-Reymond; Ensayos de psicología celular (1878), Libre ciencia y enseñanza libre [Freie Wissenschaft und freie Lehre, 1878], Pruebas del transformismo (1879), Darwin, Goethe und Lamarck (1882), Systematische Phylogenie (1894), De nuestros conocimientos actuales sobre el origen del hombre [Ueber unsere gegenwärtige Kenntnis vom Ursprung des Menschen, 1898 ], El monismo como lazo de unión entre la religión y la ciencia (1892, v.), obra en la cual sostiene el autor una especie de «animación» de la materia y presenta a esta última, de acuerdo con el materialismo metafísico del siglo XVIII, del que fue partidario, sometida a leyes eternas e inmutables.
En Los enigmas del mundo (1899, v.) se encuentra formulado el principio según el cual «la ontogénesis es una recapitulación abreviada y acelerada de la filogénesis»; significa esto que en su desarrollo embriogenético el individuo viviente vuelve a recorrer con rapidez y de manera esquemática las etapas de la evolución de los seres vivos (principio ya enunciado por Serres y Fritz Müller, maestro de H.). Milagros de la vida (1904) es un suplemento de la obra anterior. En el ámbito político, nuestro autor fue un ardiente partidario del «Kulturkampf» de Bismarck. Una vez fallecido, su «Villa Medusa» quedó transformada en Museo haeckeliano.
F. Albergamo