Nació el 30 de noviembre de 1645 en Benneckenstein y murió el 26 de octubre de 1706 en Halberstadt. Estudió Música bajo la guía de dos tíos, y en poco tiempo aprendió a tocar muy bien el órgano. Fue organista primeramente en Hasselfelde, luego en Elbingerode, y finalmente en Halberstadt. En 1689 publicó en Francfort una colección de sonatinas y melodías de baile; escribió también diversas composiciones para órgano. Su fama, empero, se apoya no tanto en su actividad de compositor como en la de teórico de la música.
Werkmeister compuso numerosos tratados sobre la construcción y la afinación de los órganos, los intervalos, el bajo continuo, etcétera. Tradujo al alemán el ensayo de Agostino Steffani Quanta certezza habbia da suoi principii la música, publicado en 1695. Singular interés provocó su tratado Temperamento musical (1691, v.), donde estableció las bases teóricas del sistema temperado, que sigue adoptándose en la afinación de los instrumentos de sonido fijo (piano, órgano) y consiste en el temperamento de los intervalos naturales de suerte que la octava quede repartida en doce semitonos iguales.
V. Terenzio