[De Mundi Aeternitate]. Obra astronómico filosófica del alejandrino publicada en versión latina en 1557. En ella el autor, oponiéndose a Proclo Diádoco, argumenta que el motivo primitivo y esencial de los astros no es, como quiere Proclo en sus Comentarios al «Timeo» un movimiento espiral complejo no descomponible en rotación uniforme.
«Nada de cuanto se mueve en línea recta — escribe Juan Filopón—, «puede ser perpetuo». Los cuerpos celestes se mueven siguiendo un círculo absolutamente perfecto tanto en su totalidad como en sus partes. Como «totalidad» entiende el conjunto del universo y como «partes» las esferas de los planetas, de la luna y del sol. Juan reconoce como doble el movimiento planetario: por un lado los planetas resultan movidos por la esfera no errante que gira siguiendo el ecuador, y por otro en virtud de movimiento propio a lo largo del círculo oblicuo sobre el que están diseminadas las figuras del zodíaco.
En cambio, Proclo afirma que el movimiento real de un astro es el movimiento complejo que nosotros observamos; Juan sostiene que sólo los movimientos circulares uniformes existen en la naturaleza. Si un cuerpo celeste es tal que le conviene naturalmente moverse según una espiral, como geométricamente el movimiento de espiral está compuesto por un movimiento rectilíneo y por uno circular, precisaría reconocer que todo cuerpo celeste resulta al mismo tiempo eterno y perecedero. De ahí se sigue la eternidad del movimiento circular uniforme en los cuerpos del mundo super- lunar y su eternidad como existencia.