Nacido en Atenas en fecha desconocida; desarrolló su plena actividad hacia el 150 a. de C. Fue discípulo del gramático Aristarco y del estoico Diógenes de Seleucia.
Habiendo alcanzado gran fama, se trasladó a Alejandría, donde fundó una escuela según el modelo alejandrino. A este período corresponden sus numerosos trabajos de catalogación, como, por ejemplo, la obra De las naves, en la que se hace un inventario de cuanto se encuentra en las obras homéricas acerca de la navegación; un libro de Etimologías y otra obra: De los dioses.
Cuando hacia el 164 a. de C., Tolomeo Fiscón empezó a perseguir a los literatos, Apolodoro hubo de abandonar Alejandría y se dirigió a Pérgamo. Allí mantuvo amigables relaciones con el rey Atalo II Filadelfo (159-138), a quien dedicó sus Crónicas, una especie de historia universal encuadrada en la cronología de Eratóstenes, que comprendía desde la caída de Troya hasta el 120 a. de C.
Hacia el 133, volvió Apolodoro a Atenas, donde murió en fecha no precisada. Le son atribuidas muchas obras apócrifas, entre las cuales la más conocida es la Biblioteca (v.).