Concebida y, en su mayor parte, realizada por el agustino, es la más importante tarea de erudición emprendida en el campo de nuestra historia eclesiástica. No es fácil consignar todos sus valores en breve espacio; destaquemos concisamente lo esencial.
La obra soñada por Flórez y a la que consagró su principal actividad hasta pocos días antes de morir, tenía enormes dificultades, porque aun los materiales válidos estaban contaminados de falsedad y amaño, habiendo apenas sectores no necesitados de revisión. El panorama era desalentador: diócesis de dudosa existencia, concilios mal conocidos, santos creados por la fantasía, nombres de antiguas ciudades difíciles de identificar, episcopologios que discrepaban. Los embrollos de los pseudo- historiadores, empeñados en exaltar unas provincias a costa de otras, habían trastornado sus límites.
De tal caos aspiró Flórez a obtener una veraz historia religiosa y en buena parte lo consiguió. Trabajando sin descanso desde 1747 publicaba normalmente un volumen cada año, aunque atendía a la vez a otros escritos y encargos — llegó a ver impresos 27 y preparados otros dos. Eran cuatro de preliminares y los restantes correspondían a las provincias eclesiásticas Cartaginense, Bética, Lusitania, Galicia y Tarraconense —más de 60 diócesis, examinadas separadamente en su estado antiguo y moderno. Y todo estudiado con ejemplar probidad, sabiéndose de un tomo, el XVIII, que fue hecho hasta tres veces, por haber recibido datos que rectificaban o mejoraban lo ya dado por terminado. En la historia de cada diócesis hace la oportuna labor previa de depuración de noticias, disquisiciones sobre puntos controvertidos, que suelen llevar anejos apéndices, e inserción de escritos interesantes, como crónicas, diplomas, actas de concilios, vidas de santos…, ya inéditos, ya con texto mejorado por nuevos hallazgos.
Esta riqueza de contenido heterogéneo es, probablemente, lo que ha deparado más lectores a la obra, pues entendió el autor con buen criterio que la historia religiosa estaba estrechamente ligada a la civil, por lo que los más de los investigadores hallan en ella materias indispensables para sus indagaciones. Aunque en su parte puramente eclesiástica, más valor que como historia lo tiene como colección de monografías y materiales para componerla. Fue continuada por individuos de su orden y después por la Academia de la Historia, pero en más de un siglo que duró la prosecución no se logró terminarla.
B. Sánchez Alonso