Nació probablemente en Londres en 1553 y murió en la misma ciudad el 23 de noviembre de 1616. Se le denomina a veces «el predicador» para distinguirle de su primo del mismo nombre. Estudió en Westminster y en la Christ Church de Oxford; abrazó el estado religioso en 1570 y se graduó en 1574. Los viajes y descubrimientos con los cuales empezaba a cimentarse entonces el poderío inglés, atrajeron toda su atención y llenaron por completo su actividad de erudito y escritor. A 1582 pertenece su primera obra, Diversos viajes referentes al descubrimiento de América [Divers Voyages touching the Discoverie of America], a la cual siguió un Discurso acerca de la colonización del Oeste [Discourse of the Western Planting], compuesto a instancias de Raleigh y no publicado hasta 1877.
Entre 1583 y 1589 estuvo en París como capellán del embajador inglés sir Edward Stafford; en la citada capital dirigió una edición de las Décadas del Nuevo Mundo (v.), de Pietro Martire d’Anghiera, y tradujo las relaciones de los exploradores franceses de la Florida (Notable History, containing four Voyages made by certain French Captains into Florida, 1587). Vuelto a Inglaterra, fue rector de Wetheringsett (Suffolk) desde 1590, arcediano de Westminster a partir de 1603 y rector de Gedney (Lincolnshire) después de 1612. Como miembro de la Virginia Company londinense promovió activamente la colonización de la América septentrional. Su obra maestra, Las principales navegaciones (v.), apareció en 1589. El abundante material dejado por H. fue aprovechado posteriormente por Samuel Purchas para sus libros de viajes. En 1846 quedó fundada una Hakluyt Society, destinada a la publicación de relatos de expediciones y descubrimientos.