Nació el 6 de mayo de 1796 en Ugersheim (Würtemberg) y murió en Würzburg el 12 de abril de 1838. Tras cursar los estudios clásicos, estudió Teología en Ellwangen y en 1819 fue ordenado de sacerdote. Después de un período de ministerio pastoral, fue llamado a la cátedra de Historia eclesiástica en la Facultad Teológica Católica de Tubinga, al principio como profesor agregado (1823-26) y luego como catedrático (1826-35). En este último año pasó a Munich como profesor de Exégesis del Nuevo Testamento, pero no pudo enseñar por largo tiempo a causa de una enfermedad. La brevísima vida y carrera científica de Mölher. ha sido una de las más fecundas, geniales y eficaces, no sólo del siglo pasado, sino de toda la historia de la teología católica. Mölher fue, en efecto, un genial autodidacto que supo interpretar como pocos las necesidades culturales religiosas de su tiempo. En el período de su formación se había dado cuenta de la distancia existente entre la teología católica y la protestante en el terreno científico, en particular en el histórico, y se había propuesto asimilar lo mejor de la producción científica y de la cultura protestante para ponerlo al servicio de la doctrina y de la Iglesia católicas, de cuya verdad no dudó nunca.
Tal fue la razón de que asistiera a las facultades teológicas protestantes y especialmente a la histórica de la Iglesia Neander, de la que aprendió el amor a los Padres y su dirección teológica; tuvo también una clara conciencia del pensamiento religioso de Schleiermacher y del mismo idealismo filosófico. De éste aprendió una idea inspiradora de todo su pensamiento: la historia — y también la historia de la Iglesia— no es una pura sucesión casual de hechos, ni una concatenación fatal de acontecimientos, sino el desarrollo de una idea que, existiendo en germen en los orígenes, transforma sus virtualidades íntimas con el curso de los sucesos históricos. La idea era válida, aunque no todas las aplicaciones hechas por Mölher fueran aceptables. Por este principio filosófico-histórico y por la multiplicidad de aplicaciones hechas por él, debe considerarse a Mölher como el principal representante de la llamada «escuela de Tubinga», la dirección teológica más viva y fecunda de la cultura teológica alemana del siglo pasado.
Entre las obras de Mölher deben citarse de un modo preferente La unidad en la Iglesia o el principio del catolicismo [Die Einheit in der Kirche oder das Prinzip des Katholizismus, 1825], original reconstrucción de la doctrina católica respecto a la Iglesia, inspirada en el pensamiento patrístico, discutible en alguna afirmación, pero eficacísima por el aliento místico que la informa: La simbólica o exposición de las oposiciones doctrinales entre católicos y protestantes [Die Simbolik oder Darstellung der dogmatischen Gegensätzen der Katholiken und Protestanten, 1832], sólida reconstrucción orgánica y especulativa de los principios fundamentales que dominan la concepción católica y la concepción protestante del cristianismo, merecedora de estudio todavía hoy; Nuevas investigaciones sobre las diferencias doctrinales entre católicos y protestantes [Neue Untersuchungen der Lehrgegensätzen zwischen den Katholiken und Protestanten, 1834], que defiende la obra anterior contra las objeciones promovidas por teólogos protestantes.
De sus numerosos estudios históricos, sólo una parte fue publicada por él en forma de artículos en la revista Tübinger theologische Quartalschrift y en dos obras, Atanasio el Grande [Athanasius der Grosse, 1827] e Historia del monacato [Geschichte des Mönchtums, 1836-37]. Otros fueron publicados después de su muerte por sus discípulos, pero resulta difícil distinguir lo que es auténtico de lo añadido. Casi todas las obras de M. fueron traducidas en la primera mitad del siglo pasado a los principales idiomas.
C. Colombo