Nació el 28 de febrero de 1799 en Bamberg y murió en Munich el 10 de enero de 1890. Tras haber estudiado en el Instituto y en la Universidad de Wurzburgo, recibió órdenes sagradas en 1822.

Nombrado profesor de Historia en la Uni­versidad de Munich en 1826, publicó el mis­mo año su primera obra importante, La Eucaristía en los tres primeros siglos [Die Eucharistie in den ersten drei Jahrhunder­ten].

Colaboró en la revista Eos, portavoz de la corriente católica alemana, y en 1833 entregó a la imprenta la parte inicial de su Manual de historia de la Iglesia [Handbuch der Kirchengeschichte], cuya publicación quedó terminada en 1836. Dos años después apareció la Historia de las herejías medie­vales [Geschichte der mittelalterlichen Hä­resien] y entre 1845 y 1847 la mayor de sus obras, La Reforma, su desarrollo interno y sus efectos (v.).

Mientras tanto, Döllinger había alcanzado un lugar preeminente en la vida política y, convertido en jefe del grupo ca­tólico en el Parlamento de Francfort, pro­pugnaba uña Iglesia católica nacional. Su oposición a la disciplina dogmática romana llegó a su punto crucial en el Concilio Vati­cano.

Junto con el obispo Hefele de Rottenburg, aparte del clero prusiano y bávaro y de los ambientes académicos, rechazó el dogma de la infalibilidad pontificia. A la declaración de Munich del 25 de agosto de 1870 siguió, el 24 de septiembre de 1871, un congreso donde — contra el parecer de Döllinger, quien afirmaba no haber de enfrentarse un altar a otro — se proclamó la iglesia de los Católicos Viejos, protegida por Bismarck y con un florecimiento efímero; aunque apoyara su unión con los anglicanos y orien­tales, no se adhirió a ella.

Excomulgado en 1871 con sus colegas, respetó siempre la excomunión y dejó de ejercer sus funcio­nes sacerdotales. Se le nombró rector de la Universidad de Munich y a su muerte fue enterrado según el rito de los Católicos Viejos.