Nació en Correggio en 1533, murió en 1604 en Parma. Considerado como uno de los grandes organistas de la época, el virtuosismo de sus ejecuciones atrae a San Marcos, de donde ya era primer organista en 1556, a multitud de admiradores y grupos de estudiantes de todas partes de Europa. Funda en la misma Ve- necia, en 1556, juntamente con Fausto Betanio, una imprenta musical en la que publica, además de su Libro di madrigali a cinco voces, composiciones semejantes de Guglielmo Tenctoris, de Stefano Rosetto y de G. B. Conforti. En 1584 pasa a Parma, como organista de la capilla ducal de la Steccata. Escribe tocatas para órgano, canciones a la francesa, madrigales, motetes, misas y también una ópera llamada La Tragedia, de estilo madrigalesco.
Merulo se separa notablemente de las anteriores tentativas instrumentales realizadas en la primera mitad del siglo XVI: el tradicional modelo polifónico-vocal se ha transformado en un organismo sonoro formalmente autónomo con auténtico «sentido» instrumental. Sus composiciones, y en mayor medida las tocatas, presentan los caracteres de una escritura audaz, de una técnica ágil y fluente, de un estilo apoyado en un trabajo de tipo intelectual. Aunque no nos encontremos todavía en la plenitud de un mundo nuevo, que sólo podrá abrir el genio de Frescobaldi, la importancia de la posición de Merulo en la historia de la cultura musical es decisiva para el desarrollo ulterior de los procedimientos técnicos, para una definitiva toma de posición del gusto, del estilo y el lenguaje. No todos los estudiosos están de acuerdo con Winterfeld, que atribuyó a Merulo la prioridad de los nuevos elementos estilísticos, pero no puede dejar de subrayarse la mejor estructuración de su temática, así como el equilibrio alcanzado en sus fugas y tocatas.
B. Boccia