Jude Fawley trabaja de albañil en un pequeño pueblo del Wessex, un imaginario condado inglés. Tras huir de su pueblo, como consecuencia de su fracaso matrimonial con Arabella, se traslada a Christminster (Oxford), meta durante largos años de sus sueños intelectuales. Aquí Jude traba una ambigua relación con Sue Bridehead, su prima, animada por un vivo y desprejuiciado intelecto. Sue, que ahora trabaja junto al antiguo maestro de Jude, Phillotson, decide contraer matrimonio con el anciano preceptor.
Pero lo va abandonando poco a poco y se marcha a vivir con Jude, sin casarse sin embargo con él, presa de un oscuro presagio. La pareja acoge en su casa al niño nacido de la unión de Jude con Arabella (que lleva el sobrenombre de «Padrecito tiempo» por la expresión grave de su rostro) y sucesivamente trae al mundo dos hijos. Entre tanto la tragedia se acerca: el primer hijo cuelga a su hermanastro y a su hermanastra y acto seguido se suicida. Trastornada por lo sucedido, Sue regresa con el viejo maestro de escuela y se acerca a la religión. Mientras tanto Jude acoge nuevamente consigo a su mujer Arabella, pero de allí a poco muere.

