Nació en Overyssche, cerca de Bruselas, el 18 de octubre de 1547, y murió en Lovaina el 23 de abril de 1606. Fue uno de los últimos grandes humanistas, y, junto con I. Casaubon y G. G. Scaligero, uno de los principales eruditos de su época. Realizó sus primeros estudios con los jesuitas de Colonia, y luego dirigióse a Lovaina a fin de completar allí su formación filosófica y literaria. En 1569 apareció en Amberes su primera obra de filología, Variarum lectionum libri quatuor. Estuvo en Roma con el cardenal Granvela, y en la Ciudad Eterna pudo relacionarse con los representantes italianos más ilustres de la cultura, y perfeccionó los estudios clásicos en los cuales sería maestro. Llegado a Alemania, enseñó allí en la universidad luterana de Jena entre 1572 y 1575.
Tras una etapa de inquieto vagabundeo, establecióse en Holanda, y se dedicó a la enseñanza de las letras latinas en la universidad calvinista de Leyden a lo largo del período 1579-1591. Fueron éstos los años más fecundos de su existencia; en su transcurso editó numerosos clásicos latinos (Tácito, César, Valerio Máximo) y obras eruditas y originales. Siquiera más bien literato que filósofo, ejerció, con algunos de sus textos, una acusada influencia en el pensamiento contemporáneo; así ocurrió con los Politicorum sive civilis doctrinae libri sex (1589), inspirados en Tácito, y, sobre todo, con Guía de la filosofía estoica (1604, v.), en la que presentó nuevamente las principales tesis morales del estoicismo. Tanto en Jena como en Leyden Lipsio experimentó el influjo de los medios protestantes, y, por lo menos exteriormente, se adhirió a la Reforma.
Reconciliado en 1591 con la Iglesia, volvió el año siguiente a los territorios católicos y profesó en Lovaina, donde prosiguió sus estudios y publicaciones hasta su muerte. En el mundo de las letras gozó de una consideración igual casi a la obtenida por Erasmo tres cuartos de siglo antes; con él mantuvieron correspondencia los principales humanistas de la época, desde Fulvio Orsini hasta el joven Quevedo, cuyo genio intuyó.
F. Amerio S. S.