Político y escritor español. Nació en 1540 y murió en París en 1611. Hijo natural de Gonzalo Pérez, fue secretario de Carlos V y Felipe II; había heredado el cargo de su padre y gozaba de la plena confianza del rey. Llegado a la corte Escobedo, secretario de Juan de Austria, aquél le echó en cara su vida fastuosa y desordenada y sobre todo sus amores con la princesa de Éboli. Al poco tiempo Escobedo caía asesinado. La voz pública acusó a Pérez y a su amante de autores morales del crimen. Procesado, encarcelado y sometido a tortura, Pérez no confesó los motivos políticos de la muerte de Escobedo. El acusado logró fugarse al reino de Aragón, donde se acogió al fuero de la Manifestación. Fallado el proceso en Madrid, Pérez fue condenado a muerte.
La Inquisición de Zaragoza reclamó al reo, pero el pueblo, amotinado, obligó a las autoridades civiles a ponerlo en libertad (1591). Pérez pasó el resto de sus días en Francia e Inglaterra. Murió en París, pobre y abandonado de todos. Pérez se había educado en Alcalá y en Italia y poseía una sólida cultura bíblica y buenos conocimientos de latín. En 1598 editó en París sus Relaciones (v.) con el seudónimo de Rafael Peregrino, obra en la que tiende a justificar su conducta; sigue a Tácito y como éste introduce en la obra sentencias y pensamientos políticos. Sus Cartas (v.) ofrecen más interés literario. Son muy notables las dirigidas a su mujer Juana Coello, a los pocos instantes de haber sufrido tormento. En Norte de Príncipes el privado de Felipe II expone sus teorías políticas.