Nació en 1606 en Oporto y murió en Lisboa en 1682. Terminados los estudios humanísticos en el Colegio de San Antonio, de los jesuítas, siguió los de Derecho civil en la Universidad de Coimbra. Hijo de una familia noble, ingresó todavía muy joven en el séquito de Felipe II, durante la dominación española de Portugal. Auditor de la cancillería de Oporto, en 1641 fue enviado a Inglaterra como secretario de los embajadores Antonio de Almada y Francisco de Andrada Leitáo, encargados de las negociaciones de una paz por separado; en el curso de esta misión destacó por sus buenas cualidades diplomáticas y la intransigencia con que, frente a las voces españolas, defendió las razones de Juan IV de Avis y la independencia nacional portuguesa. Firmado el tratado de paz en 1642, Sousa de Macedo permaneció en Londres como residente, y apoyó a Carlos I en la lucha contra el Parlamento. En 1650 fue enviado a La Haya para negociar la paz con los Países Bajos; en tal ciudad hizo publicar el año siguiente Harmonía política dos documentos divinos com as conveniencias do Estados, especie de «vademécum» destinado a los príncipes y tendente a la conciliación de la moral con la política.
En 1662 volvió a Portugal, donde asumió el cargo de secretario de Estado de Alfonso VI; a causa de su manifiesta influencia sobre las decisiones del monarca se enajenó la amistad de la reina María Francisca, la cual pidió repetidamente su alejamiento de la corte, que logró ver realizado tras los tumultos de 1667, algo anteriores al destronamiento del soberano. Además de Harmonía política Sousa de Macedo escribió: el poema en catorce cantos Ulyssipo (1640, v.); Flores de España, excelencias de Portugal, obra en castellano que contiene algunos juicios críticos acerca de personajes de la historia y la literatura portuguesas que sirvieron de documentación para la filología sucesiva; los Mercurios Portugueses, com a novas da guerra entre Portugal y Castilla (1663-66), que introdujeron el periodismo en el país; el Tratado de Educação y la miscelánea en prosa Eva e Ave, ou María Triumfante. Se le atribuye también el Arte de furtar, uno de los textos portugueses más curiosos del siglo XVII.