Su primer título fue probablemente Bellum civile y el actual deriva del episodio central del poema.
Libro I: Descripción de las causas de la guerra civil. César cruza el Rubicón y se dirige hacia Roma, aterrada por siniestros presagios.
Libro II: Pompeyo se refugia en Brindisi. Asediado por César, abandona Italia.
Libro III: La sombra de Julia, su primera esposa, vaticina a Pompeyo un infausto porvenir. César, mientras tanto, entra en Roma, luego cruza los Alpes, asedia Marsella y derrota a las fuerzas de Pompeyo en el mar.
Libro IV: Asedio de Ilerda (Lérida) en España y fracaso de los partidarios de César en Iliria y en Africa.
Libro V: El senado, reunido en Epiro, confía a Pompeyo el mando supremo. César, nombrado en Roma dictador y cónsul, marcha sobre Épiro, mientras que Pompeyo obliga a su mujer a refugiarse en Lesbos.
Libro VI: Pompeyo, asediado por César en Durazzo, lo derrota hostigándolo hasta Tesalia: allí consulta a la maga Eritón que, a través de la voz conferida mediante horribles ritos a un cadáver, profetiza los próximos infortunios de Roma.
Libro VII: El ejército pompeyano está deseoso de presentar batalla a César, apoyado con elocuencia por Cicerón. Los dos ejércitos se enfrentan en Farsalia: tras una larga masacre, Pompeyo es derrotado y huye a Larisa. Libro VIII: Desde Lesbos, Pompeyo pone velas con su mujer hacia Egipto. En el momento de desembarcar, es asesinado por orden del rey Tolomeo.
Libro IX: Catón, convertido en jefe de los ejércitos republicanos, desembarca en África donde se le reúnen la mujer y el hijo de Pompeyo. Tras unas simbólicas exequias a Pompeyo, Catón atraviesa el desierto de Libia —infestado de terribles serpientes— y se dirige hacia la provincia de África. Entre tanto César, que ya ha llegado a Egipto, ve cómo un mensajero le presenta la calavera de su yerno, sobre la cual llora hipócritamente.
Libro X: César hace su entrada en Alejandría y visita la tumba de Alejandro Magno. Cleopatra seduce a César, se casa con su hermano Tolomeo y de este modo se convierte en reina: sigue un suntuoso banquete, durante el cual los alejandrinos se sublevan contra César y asaltan el palacio real. El poema se interrumpe aquí.