Nació en París el 14 de julio de 1634 y murió en Amsterdam el 2 de diciembre de 1719. Habiéndose doctorado en Teología en la Sorbona, entró en 1657 en la Congregación del Oratorio, donde sus superiores le distinguieron confiándole la dirección de la casa de París. Totalmente partidario’ de las ideas jansenistas dominantes en el Oratorio, publicó para sus discípulos, en 1671, el Abrégé de la morale de VEvangile, ou Pensées chré- tiennes sur les textes des IV Evangiles pour en rendre la lecture plus facile (v. «Nuevo Testamento» de Pascasio) que, recomendado por algunas personalidades religiosas, obtuvo gran éxito’ y fue sucesivamente ampliado en nuevas ediciones. En 1675 publicó Quesnel una nueva edición de las obras de León el Grande (v.), con notas y comentarios que ponían en duda la autoridad del papa.
La Congregación del índice prohibió la obra y Quesnel reaccionó de un modo violento, por lo que se vio obligado ,a abandonar París en el año 1681 y trasladarse a Orléans. Invitado en 1684 a suscribir el formulario votado por la asamblea general del Oratorio de 1670, por el que los miembros se comprometían a no profesar el jansenismo ni otras opiniones que estuvieran en oposición a Roma, Quesnel prefirió abandonar la Orden. Se refugió al principio en Bruselas, junto al patriarca de los jansenistas, Antoine Arnauld (v.) y con éste prosiguió decididamente la batalla en defensa de las ideas de Jansenio. Expulsado por las autoridades españolas, regresó a Bruselas al cabo de algún tiempo y ocurrida allí la muerte de Arnauld (1694), recogió su herencia.
Descubierto en 1703, fue detenido y encerrado en las cárceles del arzobispado de Malinas, pero pocos meses después logró evadirse refugiándose en Amsterdam, donde, pese a la excomunión, reanudó la lucha, levantando al clero contra los obispos y a los obispos contra Roma y echando el germen de convulsiones y cismas que habían de turbar a la Iglesia durante mucho tiempo todavía. Murió en Amsterdam a la edad de ochenta y cinco años, después de haber formado algunas iglesias jansenistas.